Portada | Dossier | Búsqueda | Agenda | Enlaces | Créditos | Suscripciones
Roderic Guigó: «Resolvemos cuestiones en el estudio de la vida que nunca antes se habían planteado»
| Raimundo Roberts | 05/07/02 |
Biomedia
(Barcelona).
Esta semana la
revista Nature publica un
artículo en el que participa un equipo de investigadores del Instituto Municipal de
Investigación Médica (IMIM), encabezado por Roderic Guigó,
jefe del Grupo de Investigación en Genómica Computacional. El biólogo
catalán, que participó en el proyecto privado de secuenciación del genoma
humano junto a Craig Venter, de Celera, explica los
alcances de la bioinformática, una nueva rama del conocimiento que ha logrado
algunos de los más importantes progresos en la ciencia. Nos concede esta
entrevista justo después de llegar de China, donde ha participado en la II
Conferencia China sobre Bioinformática. La
bioinformática ¿Cuándo nace la bioinformática? La
bioinformática nace a principios de la década de los ochenta, cuando se crean
las bases de datos que acumulan las secuencias de ácidos nucleicos y de
proteínas. Incluso antes, había algunos trabajos pioneros que aplicaban la
computación a problemas de la biología. Cuando los ordenadores empezaron a
generalizarse en las universidades, en la década de los sesenta, se inició el
desarrollo de aplicaciones de computación para biología. Podemos
decir que la bioinformática como tal no se establece hasta principios de los
años ochenta y su importancia no se hace patente hasta que se inicia el
proyecto del genoma humano, a finales de los años ochenta y principios de los
noventa. ¿La bioinformática podría convertirse en una rama
del conocimiento que acerque a los países más y menos desarrollados en
investigación científica? Es
algo que he pensado en algunas ocasiones, ya que se trata de una tecnología que
no requiere una infraestructura costosa ni una tradición en investigación tan
establecida como la que existe en algunas de las actuales potencias de
investigación en el mundo occidental. Además, es muy apropiada para algunos
países que, en particular, tienen buena tradición en aspectos más teóricos,
matemáticos o computacionales, como India o China. De hecho, en estos dos
países se está haciendo un gran esfuerzo para potenciar la bioinformática. ¿La genómica y la genética, tal como las conocemos,
habrían sido posibles sin la informática? No.
Es imposible, por una cuestión esencial como es el volumen de datos. El
proyecto de la secuenciación del genoma no hubiera sido posible sin la informática.
No hay otra forma de almacenar esa información y de tratarla apropiadamente. ¿Catalogaría esta rama del conocimiento como
ciencia? Decir
qué es y qué no es ciencia es siempre muy discutible, sobre todo en casos como
éste, en que hablamos de una disciplina muy nueva, que está viviendo un momento
de gran esplendor e importancia por la relevancia de sus resultados. La
bioinformática no consiste simplemente en aplicar técnicas informáticas para la
resolución de problemas biológicos, sino que también desarrolla nuevas
herramientas informáticas para la solución de problemas que no se han planteado
antes, y que sólo se plantean en el ámbito del estudio de la vida. No se trata
sólo de aplicar herramientas que ya existían a nuevos problemas, sino de desarrollar nuevas
herramientas para afrontar nuevos problemas. La
bioinformática es una herramienta que nos permite ver cómo es la vida, la forma
más compleja de la materia que conocemos sobre la tierra, en su nivel más
básico, el genoma. De hecho, aunque ya se habla de nuevas teorías, estamos en
un momento muy descriptivo, aún viendo cómo son las cosas. Dictyoselium
discoideum Esta semana se publicará en Nature una
investigación vuestra llamada «Secuencia y análisis del cromosoma 2 del Dictyoselium discoideum. ¿En qué consiste esta investigación? Este
artículo describe el trabajo de un consorcio, mayoritariamente alemán, que ha
obtenido la secuencia de este cromosoma, y lo que nosotros hemos hecho es
desarrollar un programa informático que permite analizar y localizar los genes
que se encuentran a lo largo de la secuencia del cromosoma. Dictyoselium discoideum es un organismo
muy primitivo, unicelular, que tiene una importancia fundamental: se encuentra
en la raíz de la evolución de los organismos eucariotas. Los
seres eucariotas tienen un núcleo diferenciado, a diferencia del otro gran
grupo de seres vivos llamados procariotas: bacterias, virus, etc. Por tanto, es
importante conocer el genoma de este organismo para saber, verdaderamente, cómo
se produce la transición entre estas dos formas fundamentales de vida. Recordemos
que los genes son la etapa fundamental del análisis de la información que
contienen los genomas. Son los genes los responsables de la funcionalidad de los
seres vivos, de traducir el código del genoma. Nosotros lo que hemos hecho es
desarrollar un programa que analiza la secuencia de DNA y predice la
localización de los genes en la secuencia. En este cromosoma hay unos dos mil
genes. ¿Qué tipos de herramientas desarrollan? En
general se realiza un programa para cada genoma, aunque entre organismos
similares, como mamíferos, es posible utilizar el mismo programa haciendo
algunos ajustes. En este caso, hemos utilizado un programa muy general que
predice la localización de los genes en cualquier organismo, aunque hay algunos
parámetros que deben ser ajustados, dependiendo de cuál es la forma en que se
codifican los genes en cada genoma en particular. ¿Se trata del mismo programa utilizado para el
genoma humano? No,
nosotros desarrollamos programas, a distintos niveles, para distintas etapas
del proceso de análisis de la información genómica. Estamos especialmente
interesados en la predicción de genes en el genoma. Precisamente por esta razón
hemos desarrollado también el software para crear «mapas visuales» de la
localización de los genes. En
el caso del genoma humano se utilizó uno de estos programas para «visualizar»
la predicción de genes, distinto al utilizado en Dictyoselium discoideum. Lo que hemos hecho en este caso es obtener
la predicción de genes, no la visualización de la predicción de genes o la
«presentación gráfica» de los genes. La ciencia en
España Este artículo será publicado en la prestigiada Nature. Jordi
Camí, en un artículo de la revista Quark, decía que, aunque en España se publica mucho más de que se hacía hace
quince años, conseguirlo sigue siendo heroico ¿Cuál es su visión de la
bioinformática y de la ciencia en general en el ámbito español? No
me gusta quejarme y otorgar las limitaciones de uno mismo a causas externas,
eso de que «no podemos hacer las cosas bien porque no tenemos recursos o por el
contexto». Esto enmascara muchas veces fracasos propios. Pero desgraciadamente,
estamos en un sistema en que las cosas no se pueden hacer bien. Éste es
todavía, a pesar de los cambios, un mal país para dedicarse a la ciencia. Es
como querer ser torero en Alaska. Sobre todo en campos como éste, que son muy
punteros, no tenemos los recursos para desarrollar un trabajo competitivo. Eso
va a costa de esfuerzo y de suerte. ¿Cuánto tiempo dedica a las estancias en otros
centros? Vivo
en Barcelona, aunque paso temporadas en otros centros de investigación.
Realmente sería difícil realizar el trabajo que estamos desarrollando, que está
bastante en la punta del estudio de la informática aplicada a la genómica, sin
tener contacto con otros grupos. Sería imposible, entre otras razones, porque
en España no hay ningún otro proyecto de secuenciación en marcha en estos
momentos. El futuro de
la vida Las investigaciones en bioinformática, ¿permitirán
resolver las expectativas que se crearon con la secuenciación del genoma
humano, en especial sobre enfermedades? Será
toda la investigación en biología la que va a permitir actuar sobre una parte
de la realidad, puesto que nos ayudará a conocer el funcionamiento de la vida
mucho mejor. Un paralelismo puede ser el descubrimiento de la estructura
atómica de la materia, que nos dio un control insospechado sobre la misma, con
aplicaciones como la energía nuclear, las comunicaciones, etcétera. Vamos a
tener una capacidad de actuar sobre la materia de la vida muy superior a la que
tenemos ahora. Y en particular, podremos controlar el mal funcionamiento de la
vida, como son las enfermedades. Parece que a largo plazo esto será realidad,
lo que no sabemos es cuán largo va a ser el camino. Aunque si lo comparamos con
los procesos y descubrimientos de los últimos años, decenios o siglos, nuestro
conocimiento sobre la vida se acelerará extraordinariamente. Roderic
Guigó es doctor en Biología por la Universidad
de Barcelona. Ha realizado investigaciones y trabajos en el Molecular Biology Computer Research Resource del
Dana Farber Cancer Institute,
Harvard
University ( Division of
Biostatistics); Boston
University y Los Alamos National
Laboratory en Estados
Unidos. Desde 1994 es investigador en el Institut
Municipal d'Investigació Mèdica, y profesor asociado de la Universitat Pompeu Fabra. Más
información en la red:
 |